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Für eine optimale Wirkung von Probiotika ist es essenziell, regelmäßig eine ausreichend große Menge der winzigen Mikroorganismen einzunehmen. Gewöhnlich sind es daher mehrere Milliarden der koloniebildenden Einheiten (Abkürzung CFU), die dem Körper zur Vorbeugung und zum Schutz täglich zugeführt werden sollten. Im Krankheitsfall kann diese Zahl sogar auf bis zu 20 Milliarden Einheiten pro Tag erhöht werden.
Gegenanzeigen oder Nebenwirkungen im Rahmen einer Überdosierung von Probiotika sind nicht bekannt und so ist es möglich, im Zweifel eine etwas höhere Zahl an Mikroorganismen zu wählen, um den gewünschten Nutzen für den eigenen Körper auch tatsächlich erzielen zu können.
Einige Produkte, wie Joghurt oder Kefir, enthalten von Natur aus probiotische Milchsäurebakterien, andere bilden die gesunden Probiotika durch eine sogenannte Fermentierung. Hierzu gehört das milchsauer eingelegte Sauerkraut, die japanische Misopaste oder Kimchi, eine koreanische Gemüsezubereitung.
Erfahrungsgemäß ist der Verzehr solcher Lebensmittel allerdings nicht immer erfolgversprechend. Eine zu lange und unsachgemäße Lagerung führt gemeinhin zum Absterben der wenigen enthaltenen probiotischen Kulturen. Temperaturen oberhalb von 25 Grad Celsius sollten dabei generell vermieden werden. Ferner ist vor allem der handelsübliche Joghurt oftmals mit Antibiotika versetzt, das durch seine darmschädigende Wirkung den positiven Einfluss der Probiotika deutlich mindern kann. Auch extra als probiotisch ausgewiesene Joghurts zeigen nur selten eine Wirkung. Ohnehin enthalten sie meist nicht mehr Kulturen als ein herkömmlicher Joghurt.
Empfehlenswert ist hingegen die Einnahme von Probiotika in Form von Kapseln, Tropfen (Flüssigkonzentrat) oder löslichem Pulver. Hierbei kann unkompliziert dosiert und zudem auf die Auswahl der Kulturen geachtet werden. Nicht für alle probiotischen Mikroorganismen ist eine gesundheitsfördernde Wirkung belegt. Dementsprechend ist es sinnvoll, nur auf geprüfte Bakterienstämme zurückzugreifen. Sie werden einer Unbedenklichkeitsprüfung unterzogen und in modernen Präparaten so kombiniert, dass sowohl Dünn- als auch Dickdarm von der Wirkung profitieren können. Diese hauptsächlich in Apotheken erhältlichen probiotischen Mittel sind überdies ausreichend hoch dosiert, entsprechend lange haltbar und in Kapselform vor allem magensaftresistent.
Da sämtliche Probiotika ihre Wirkung erst im Darm entfalten, ist ein schnelles Passieren des sauren Magenumfeldes oberstes Ziel. Möglich sind hierbei zwei Varianten, wobei sich die Einnahme eines Präparates am Morgen oder am Abend am sinnvollsten erwiesen hat. Üblicherweise ist zu diesen Tageszeiten der Säuregehalt im Magen äußerst gering und so kann bei zusätzlich leerem Magen das Probiotikum den Magen mit nur geringem Verlust innerhalb einer halben Stunde passieren. Im Allgemeinen erreichen bei dieser Variante noch mehr als achtzig Prozent der ursprünglich enthaltenen Mikroorganismen ihr Endziel. Einen unterstützenden Effekt hat das gleichzeitige Trinken einer ausreichenden Menge Wasser im Stehen.
Alternativ können Probiotika aber auch mit einer Mahlzeit eingenommen werden, da zu diesem Zeitpunkt der pH-Wert im Magen nahezu neutral ist. Wichtig ist hierbei allerdings ein fettarmes Gericht, da Fett den zügigen Weitertransport der Nahrung und somit auch der Probiotika behindert. Gleiches gilt auch für eine ungünstige Sitzposition während des Essens, die zu einer Stauchung des Magens führen kann.
Probiotika müssen regelmäßig und über einen längeren Zeitraum eingenommen werden. Hierfür bietet sich eine Kur mit vorab bestimmter Dauer und Dosierung an. Sollte der Darm zu Beginn mit Krämpfen oder vermehrten Flatulenzen reagieren, kann die Zahl der Mikroorganismen zunächst noch einmal gesenkt und nach Gewöhnung wieder langsam angehoben werden. Für Säuglinge oder Kinder ist eine spezielle Dosierung notwendig. Sind keine entsprechenden Angaben auf dem Produkt zu finden, ist es am zweckmäßigsten, die benötigte Mengen analog des Gewichtes des Kindes herunterzurechnen.
Bezüglich der Wirkung von Probiotika ist grundsätzlich Geduld gefragt. Sie setzt in der Regel erst spät ein und kann sogar ausbleiben, wenn der Darm während des Behandlungszeitraums nicht permanent mit Kulturen besetzt ist. Im Idealfall erfolgt daher die Einnahme des Probiotikums über den gesamten Tag verteilt. Eine gleichzeitig faserreiche Ernährung mit viel Obst und Gemüse beeinflusst den Erfolg dabei ebenso positiv, wie die Gabe des Spurenelementes Zink.
Im Bedarfsfall ist es ratsam die Probiotikakur in regelmäßigen Abständen zu wiederholen, da sich bereits nach wenigen Wochen die Leistungsfähigkeit des Darms wieder reduziert und auf den alten Stand zurückfällt.